Naselje Škocjan, ki je od ustanovitve občine leta 1995 tudi njeno središče, se v dolini Radulje na zložnem pobočju Mastnega hriba razvija že sedem stoletij. Je staro kulturno središče škocjanske doline, ki se prvič omenja leta 1306. Ime je dobilo po farnem patronu sv. Kancijanu čaščenem v oglejskem patriarhatu. Po njem se imenuje tudi župnijska cerkev, ki skupaj s kamnitim dvoločnim mostom čez Raduljo ustvarja značilno podobo kraja.
Leta 1492 je bil v Škocjan prenesen sedež fare z Otoka pri Dobravi. Škocjanska fara sodi med najstarejše slovenske fare. Na mestu današnje cerkve je prvotno stala kapela zamorske Matere božje, kamor so hodili maševat z Otoka. Graditelj današnje cerkve iz 17. stoletja je bil župnik Štefan Jeršetič.
Prostorna banjasto obokana cerkvena ladja se prek visokega slavoloka previje v prezbiterij z visečo kupolo. Sv. Kancijana v slavi v prezbiteriju je naslikal Matej Sternen. Osrednji oltar je posvečen sv. Kancijanu in tovarišem mučencem, oltarno sliko pa je leta 1854 naslikal Mihael Stroj. K cerkveni opremi sodita še dva stranska oltarja, eden je posvečen Materi božji, drugi pa sv. Florjanu. Cerkev bogati delo poznobaročnega dolenjskega slikarja Antona Postla, v ladji pa je še 14 podob križevega pota, ki jih je leta 1966 izdelal Stane Kregar. Osrednji poudarek cerkveni zunanjosti daje njeno vzhodno pročelje z razgibanim čelom, pilastri in kapiteli, dopolnjuje pa jo mogočen zvonik s kvadratno tlorisno zasnovo.
V cerkvi je spominska plošča, postavljena tukaj rojenemu misijonarju in potopiscu dr. Ignaciju Knobleharju (1819 - 1858). Knoblehar je raziskoval dežele ob Belem Nilu v Afriki in je bil eden najbolj cenjenih mož takratnega časa. V maju 1854 je prispel skoraj do treh stopinj severne zemljepisne širine in tako postal prvi beli človek na najjužnejši točki, ki je bila dosežena po reki Nil. Dolga leta je ostal Knoblehar edini, ki mu je uspelo priti tako daleč na jug Sudana. Dunajsko zemljepisno društvo ga je l. 1857 zaradi njegovih zaslug za zemljepisno in naravoslovno znanost imenovalo za častnega člana. Na dan obletnice njegovega rojstva, 6. julija, občina Škocjan praznuje občinski praznik Knobleharjevo. V gostilni Marinčič pa je o dr. Ignaciju Knobleharju na ogled stalna razstava.
V Škocjanu se je rodil tudi jezikoslovec Fran Metelko (1789 - 1860), ki je leta 1825 izdal slovensko slovnico in ji dodal svoj črkopis, imenovan metelčica. Po njem se imenuje Metelkov dom, v katerem deluje krajevna knjižnica Škocjan, enota Knjižnice Mirana Jarca Novo mesto, banka ter večnamenska dvorana za razne kulturne prireditve in dogodke. Izpred Metelkovega doma se vsako leto februarja pohodniki odpravijo na pohod po Metelkovi poti.
V stoletjih so v kraju delovali številni znani možje, ki so sooblikovali njegovo zgodovino, med njimi tudi Janez Cigler, avtor prve slovenske povesti Sreča v nesreči, ter koroški homeopat Pavel Varaun ter župnika Janez Zalokar in Peter Bohinjec.
Ob vstopu v Škocjan iz smeri Novega mesta na levi stoji Globevnikova hiša, značilen primer trške arhitekture 19. stoletja.
V kraju delujejo šola z vrtcem in podružnico na Bučki, zdravstveni dom, lekarna, banka, pošta, trgovine, gostilne, kavarna in številni obrtniki.
